Un dispositif de TVA sur la marge pourtant parfaitement clair...

Par dérogation à l’application de la TVA sur le prix total de la vente, les vendeurs de terrains à bâtir ou d’immeubles anciens peuvent opter pour le régime de la TVA sur la marge au moment de la revente, à condition que leur acquisition n’ait pas ouvert droit à déduction. Il en va notamment ainsi lorsque le bien a été acquis auprès d’un particulier, hypothèse courante en matière de promotion immobilière.
C’est l’article 268 du Code général des impôts qui gouverne ce régime, d’ailleurs lui-même conforme à la Directive européenne ¹ :

«  S'agissant de la livraison d'un terrain à bâtir, ou d'une opération mentionnée au 2° du 5 de l'article 261 [livraison d’immeubles achevés depuis plus de 5 ans] pour laquelle a été formulée l'option prévue au 5° bis de l'article 260 [option pour l’assujettissement à la TVA], si l'acquisition par le cédant n'a pas ouvert droit à déduction de la taxe sur la valeur ajoutée, la base d'imposition est constituée par la différence entre :

1° D'une part, le prix exprimé et les charges qui s'y ajoutent ;

2° D'autre part, selon le cas (…)  les sommes que le cédant a versées, à quelque titre que ce soit, pour

l'acquisition du terrain ou de l'immeuble ; (…) »

Dont l’Administration fiscale s’obstine à faire une application trop restrictive, contra legem...

Selon la doctrine fiscale, pour que l’option puisse être exercée, il faudrait qu’aucun changement n’ait affecté le bien entre le moment de l’achat et de sa revente.
Sur la base de cette analyse, si un promoteur acquiert un ensemble bâti auprès d’un particulier (et donc non soumis à TVA), et procède à sa revente en parcelles de terrains à bâtir, la revente devrait nécessairement être soumise à la TVA sur le prix total, sans faculté d’option pour le régime de TVA sur la marge.
De même, la réalisation de travaux de démolition entre l’acquisition et la revente du terrain à bâtir ferait ainsi échec à l’application de ce régime spécial.
Nous comprenons bien les recettes supplémentaires qu’une telle analyse procure à l’État, et la réduction corrélative qu’elle entraîne sur la marge nette des professionnels de l’immobilier. Et donc, malgré quelques assouplissements apportés à sa doctrine depuis l’origine, la DGFIP continue d’ériger le critère d’identité juridique en condition essentielle d’admission au régime de TVA sur la marge.

...position unanimement condamnée par les juridictions...

L’illégalité de la position de la DGFIP a été relevée à de très nombreuses reprises ² par les juridictions, très récemment par la Cour d’appel administrative de Marseille, le 12 avril 2019 ³ , et plus récemment encore par la Cour Administrative d’appel de Lyon, le 27 août dernier ⁴ .
Laquelle a définitivement condamné une telle position restrictive :

« Contrairement à ce que soutient le ministre, en se prévalant de sa doctrine, laquelle ne saurait légalement fonder une imposition, la circonstance que les caractéristiques physiques et la qualification juridique du bien acheté ont été modifiées avant la cession ne saurait par elle-même faire obstacle à l'application du régime de taxe sur la valeur ajoutée sur la marge prévue par l'article 268 du code général des impôts. Par suite, le ministre n'est pas fondé à soutenir que cette livraison devait être imposée sur le prix de vente total du bien cédé. »

Rien n’y fait ! L’Administration persiste ⁵ à redresser les promoteurs immobiliers sur ce fondement, qui ont donc tout intérêt à contester de tels redressements.
Experte en TVA sur la marge, l’équipe fiscale de LAMY LEXEL accompagne de nombreux acteurs du secteur immobilier. Elle met en place les actions de contentieux nécessaires pour défendre leurs intérêts et poursuit son travail de veille et de conseil stratégique pour sécuriser l’application du régime de TVA sur la marge.

¹ Directive 2006/112/CE du Conseil du 28 novembre 2006 relative au système commun de taxe sur la valeur ajoutée, en son article 398 disposant que : « Les États membres peuvent prévoir que, pour les livraisons de bâtiments et de terrains à bâtir achetés en vue de la revente par un assujetti qui n’a pas eu droit à déduction à l’occasion de l’acquisition, la base d’imposition est constituée par la différence entre le prix de vente et le prix d’achat »

² Notamment pour illustration : jugements des tribunaux administratifs de Grenoble du 14 novembre 2016 (n°1403397) et du 15 juin 2017 (n°1502588) ; Montpellier les 4 décembre 2017 (n°1602770) et 15 janvier 2018 (n°1700206) ; de Pau le 25 janvier 2018 (n°1600521) ; de Bordeaux le 14 février 2018 (n°1601235) ;  de Poitiers le 20 mars 2018 (n°1602053)

³ Arrêt CAA de Marseille du 12 avril 2019 n°18MA00802

⁴ Arrêt CAA de Lyon du 27 août 2019 n°19LY01260

⁵ Voir en ce sens : une récente ministérielle (RM Olivier Falorni, JOAN du 24 septembre 2019, question n°1835) aux termes de laquelle l’Administration refuse d’infléchir sa position faisant fi de l’ensemble des décisions jurisprudentielles citées aux points 2 à 4